Durante el proceso de planificación del Plan de Manejo para la Reserva Natural Municipal Mahuida, se identificaron un total de diez amenazas:
- Incendios
- Administración ineficiente del agua
- Ganado
- Perros y gatos
- Desconocimiento del patrimonio
- Intromisión humana
- Especies exóticas invasoras
- Rayados y destrucción
- Extracción de recursos biológicos
- Contaminación